法人が行う株式譲渡に消費税はかかる？非課税の落とし穴と節税のポイントを税理士が解説 - 日米ライセンス税理士

法人がその有する株式を譲渡した場合、消費税の扱いに悩む方は少なくありません。売却代金が数億円にのぼる場合、消費税の有無だけで数千万単位の差が生まれるためです。結論を申し上げると、株式譲渡に消費税はかかりません。

しかし手放しで喜ぶのは危険です。株式を売却すると確定申告における他の消費税計算に影響する可能性があります。知らずに手続きを行えば、余分な納税につながる恐れがあるのです。

私たちは数多くの経営者の出口戦略を支援してきました。本記事では、これまでの経験を活かし株式譲渡における消費税の基本から、専門家でなければ見落としがちな課税売上割合まで、分かりやすく解説します。

最後までお読みいただくことで、譲渡後の手残り金額を大きくするための具体的なヒントが得られます。

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株式譲渡に消費税はかからない

株式譲渡において売主が受け取る代金に消費税は課されません。法律上、株式などの有価証券を譲渡する行為は「非課税取引」と定められているためです。

消費税は国内で商品を購入したり、サービスの提供を受けたりした際に、課される税金です。株式は会社の所有権や利益を受け取る権利をあらわすものであり、株式自体が何かを消費する性質ではありません。資本の移転としての性格が強いため、国の政策によって消費税を課さない仕組みになっています。

大切なのは株式譲渡が「不課税（対象外）」ではなく「非課税」に分類されている点です。不課税取引は最初から消費税の計算に一切関わりませんが、非課税取引は消費税の計算式に組み込まれます。

「税金がかからないなら同じではないか」と感じるかもしれません。しかし実務上は、非課税取引として扱われるため、後述する「課税売上割合」に影響を与えるのです。結果として納める税金が増えてしまうケースもあります。

株式を売却した際、気をつけなければならないのが課税売上割合の低下です。

課税売上割合とはその年度の全売上のうち、消費税がかかる売上がどれくらいあるかを示す指標です。消費税の納税額を計算する際、経費で支払った消費税からいくら分を差し引けるか決める重要な数字です。課税売上割合が高いほど、支払った消費税を多く差し引けるため、最終的な納税額を抑えられます。

株式を売却すると、売却代金の5％が非課税売上として分母に加算されます。

譲渡金額が10億円であれば5,000万円分が非課税売上としてカウントされます。全体の売上構成比の中で非課税売上の占める割合が高まり、結果として課税売上割合が下がってしまうのです。

課税売上割合が下がると、オフィス賃料や備品購入、高額な設備投資などで支払った消費税を、全額差し引けなくなります。

【具体例】

ある法人が同じ期に「10億円の株式譲渡」と「5億円の建物購入（消費税5,000万円）」を行ったとします。

株式譲渡による非課税売上が発生したことで課税売上割合が95％を下回り、建物購入で支払った5,000万円の消費税のうち、一部しか還付・控除を受けられなくなります。

本来、消費税がかからないはずの株式譲渡によって、結果として数百万から数千万円の隠れたコストが発生してしまいました。

売却代金そのものには消費税がかかりませんが、売却のために支払う費用には消費税がかかるのが一般的です。

M&A仲介会社への手数料や、弁護士・公認会計士・税理士へのコンサルティング費用は、サービスへの対価です。原則として消費税が課されるので、成功報酬が1億円であれば、1,000万円の消費税を上乗せして支払う必要があります。

支払った手数料に含まれる消費税が、全額差し引ける（仕入税額控除できる）かどうかは慎重に判断しなければなりません。

多くの場合は株式譲渡のための費用は、非課税売上のために直接要した費用とみなされます。消費税の計算方法で個別対応方式を採用している場合、非課税売上のための費用にかかる消費税は、1円も差し引くことができません。

多額の手数料を支払うときは、消費税分が実質的なコストになることをあらかじめ資金計画に組み込んでおく必要があります。

会社を売る方法には、株式譲渡のほかに事業譲渡（資産を個別に売却する方法）があります。消費税の扱いは大きく異なります。