iDeCoとNISAの違いは？どちらを優先するか・併用割合を税理士が解説

iDeCoとNISAは、どちらも資産形成に使える制度です。ただし、税金の扱いや資金を引き出せる時期は異なります。

「所得控除があるからiDeCoを優先する」「NISAの枠を先に使い切る」と決めるだけでは、ご自身に合った配分にならない場合があります。特に確認したいのが、60歳前に使う資金と、勤務先の退職金の金額や受取時期です。

この記事では、iDeCoとNISAの違いや優先順位、併用する場合の配分を解説します。60歳前に使う可能性がある資金はNISA、老後まで使わない資金はiDeCoを優先するのが基本です。さらに、所得や立場によっては、iDeCoとNISA以外の所得税対策もあわせて確認する必要があります。

iDeCoとNISAの違いがわかる比較表

iDeCoとNISAでは、税制上の利点が生じるタイミングが異なります。違いを一覧にしました。なお、下記表では海外での現地課税は考慮せず、日本の税金についての取り扱いの未記載しています。

制度を選んだだけで運用成績が決まるわけではありません。運用する商品や期間によって、最終的な資産額は変わります。

iDeCoとNISAはどっちを優先する？

iDeCoとNISAの優先順位は、資金を使う時期や所得控除による税負担への影響、退職金の3点から判断します。

• 60歳前に使う運用資金はNISAを検討する
• 所得控除の効果でiDeCoを判断する
• 退職金の受取見込みでiDeCoを判断する
• 投資対象の違いを把握する

60歳前に使う運用資金はNISAを検討する

60歳前に使う可能性がある資金は、NISAから検討します。NISAは保有商品を必要な時期に売却できるためです。

住宅購入や教育費、事業への支出などが考えられます。

ただし、数年以内に必要な資金まで投資することはリスクがあります。当面の生活費や緊急時の預貯金を確保したうえで、価格変動を受け入れられる資金を運用しましょう。

所得控除の効果でiDeCoを判断する

iDeCoの掛金は、小規模企業共済等掛金控除の対象です。支払った掛金の全額を所得から控除できます。高所得な方ほど所得控除による節税効果は大きくなります。

ただし、「年収1,200万円だからいくら得する」とは決められません。給与所得控除や社会保険料控除などにより、課税所得が変わるためです。

iDeCoによる税負担への影響は、年収ではなく実際の課税所得をもとに確認します。所得税と住民税への影響もあわせて試算しましょう。

退職金の受け取り見込みでiDeCoを判断する

iDeCoを一時金で受け取る場合、原則として退職所得として扱われます。

勤務先から多額の退職金を受け取る予定がある方や会社経営者で高額な役員退職金を想定している方は特に注意が必要です。iDeCoを一時金として受給する場合、退職手当等とみなされて退職所得控除の対象となりますが、退職金とiDeCo一時金を受け取る時期や順序によっては勤続年数（加入年数）の重複期間が控除額から除外され、受取時の税負担が想定以上に増大するリスクがあります。

したがって、現役時の掛金所得控除による節税効果だけに着目するのではなく、退職金とiDeCo一時金を合算した最終的な「受取時（出口）の税引後手取り額」まで事前にシミュレーションしておくことが不可欠です。

iDeCoが節税になるのかはこちらで解説しています。

2026年7月21日 iDeCoは節税にならない？ならない人の特徴5選とメリットを解説

投資対象の違いを把握する

iDeCoとNISAでは投資対象が異なります。iDeCoは金融機関が用意した一定の商品のみが対象となる一方で、NISAの成長投資枠では個別株式やETF、REITなど非常に幅広い投資対象の中から選択をすることができます。

いわゆるS&P500系やオールカントリー系の投資信託等はどちらにも含まれています。

投資対象が広いということは、その分、選択肢によってはリスクが大きくなることも考えられます。実際、相当に値動きが荒い小型株について、iDeCoでは個別株式として投資をすることは難しいのですが、NISAでは投資対象とすることができます。

ただし、それでNISAの方がリスクが高いのかというとそういうわけではなく、iDeCoと同じような商品を選択すれば、リスクも同程度になると考えられます。あくまでNISAの方が選択肢が広いというところを、まずは押さえておきましょう。

iDeCoとNISAを税負担の違いで比較

iDeCoとNISAを比較する際は、投資額だけでなく、iDeCoの所得控除による税負担の違いも確認します。ここでは、同じ家計負担で運用する場合の考え方を、具体例で比較します。

• 年収1,200万円の会社員で比較する
• 役員退職金3,000万円で比較する

年収1,200万円の会社員で比較する

45歳の会社員が60歳まで15年間運用する例を考えます。企業年金はなく、iDeCoの所得控除前の課税所得を950万円、想定利回りを年3％と仮定します。

iDeCoへ年間27万6,000円を拠出する場合、掛金の全額が所得控除の対象です。課税所得950万円では、所得税率は33％です。住民税の所得割を10％として概算すると、復興特別所得税も含めた税負担軽減額は年間約12.1万円となります。

※所得税率33％、復興特別所得税、住民税の所得割10％を用いた概算です。実際の税額は、課税所得や各種控除などによって異なります。また、運用結果やiDeCo受取時の税金、手数料は反映していません。

なお、iDeCoによる所得控除で浮いた税金（約12.1万円）を生活費等で消費してしまえば、その効果は薄れます。iDeCoの節税メリットを最大限に活かすためには、減税分として手元に残ったキャッシュをそのままNISA口座等へ回し、継続的に再投資することが重要なポイントです。

役員退職金3,000万円で比較する

次に、役員退職金3,000万円を受け取る予定のケースです。

たとえば役員としての勤続年数が25年あり、iDeCoも一時金で受け取る場合、会社からの退職金だけでは判断できません。iDeCoの加入期間や双方の受取順序・時期も確認します。

役員退職金が大きい場合iDeCoの受取時の課税が大きくなる可能性があります。退職所得控除の適用関係を含め、税引後の受取額を個別に計算します。

iDeCoとNISAを併用する際の配分の決め方

iDeCoとNISAの配分に一律の割合はありません。60歳より前と後で使う資金を分けると判断しやすくなります。

• 60歳前の運用資金はNISAへ配分する
• 老後資金はiDeCoへ配分する

60歳前の運用資金はNISAへ配分する

まず、60歳までに予定している支出を整理します。

住宅購入や教育費、事業への支出などについて、必要な時期と金額を確認してください。そのうえで、すぐには使わず、価格変動を許容できる資金をNISAへ配分します。

NISAの上限額から逆算するのではなく、将来必要になる資金から投資可能額を決めます。

老後資金はiDeCoへ配分する

60歳まで使わないと判断できる資金は、iDeCoへの配分を検討します。

所得控除を受けられる場合でも、必ず上限まで拠出する必要はありません。勤務先の企業年金や退職金も確認します。

生活費や近い将来の支出に必要な資金を確保したうえで、長期間引き出せなくても支障のない金額を決めてください。

非課税制度以外も含めた資産運用については、以下の記事も参考にしてください。

2026年5月31日 5,000万円の運用戦略【税理士が解説】資産防衛と税金で損しないポートフォリオ

iDeCo改正後のNISAへの配分を確認する

2026年12月1日から、iDeCo等の拠出限度額が引き上げられます。上限が増えても、iDeCoへの配分を同じ割合で増やす必要はありません。

2026年（令和8年）12月1日より施行される確定拠出年金制度の改正では、企業年金のない会社員等におけるiDeCoの拠出限度額が月額2.3万円から6.2万円へ大幅に引き上げられます。

また、企業型確定拠出年金（企業型DC）や確定給付企業年金（DB）に加入している会社員についても、全体の拠出枠（月額6.2万円）から他制度の掛金相当額を控除した残枠の範囲内で、これまでより柔軟な拠出が可能となります。

さらに、加入可能年齢についても要件が緩和されますが、拠出枠が拡大したからといって無条件に満額を拠出すればよいとは限りません。流動性のあるNISA口座への投資余力を圧迫しないか、手元の資金計画と照らし合わせたバランス調整が求められます。

増額する場合は、NISAへ回す資金が減らないかも確認してください。60歳前に使える金融資産と退職金の見込額を含め、配分を見直しましょう。

iDeCoやNISAを始める際の注意点

税制上の利点だけで選ぶと、必要な時期に資金を使えない場合があります。損失が生じた場合の税務上の扱いも異なります。

• iDeCoは原則60歳まで引き出せない
• NISAの損失は損益通算できない

iDeCoは原則60歳まで引き出せない

iDeCoで積み立てた資産は、原則として60歳まで引き出せません。

掛金額の変更や拠出の停止はできますが、積み立てた資産を預貯金のように自由に引き出すことはできません。

所得控除の効果より先に、60歳まで使わなくても生活や事業に影響しない金額かを確認してください。

NISAの損失は損益通算できない

NISA口座で生じた損失は、税務上、損失として扱われません。

そのため、課税口座の上場株式等の配当や譲渡益との損益通算はできません。翌年以降への繰越控除もできません。

一方、NISAで保有する商品を売却した場合、売却した商品の取得価額（簿価）ベースで翌年以降に非課税保有限度額（総枠1,800万円）の枠が復活・再利用できる仕組みになっています。ただし、枠が復活した場合でも、年間の投資枠（つみたて投資枠120万円／成長投資枠240万円、合計360万円）の上限が引き上げられるわけではない点には注意が必要です。

iDeCoとNISAだけで所得税対策は十分？

iDeCoとNISAだけで、所得税対策や資産形成に必要な検討が完結するとは限りません。NISAは運用益等が非課税になる制度ですが、現在の給与所得や事業所得から所得控除を受ける制度ではありません。iDeCoは掛金が所得控除の対象になる一方、拠出額には上限があります。

利用できる制度や確認すべき項目は、所得の種類や立場によって異なります。iDeCoやNISAに限らず、所得や立場に応じて利用できる制度や対策を幅広く検討しましょう。

iDeCoやNISAに関するよくある質問

iDeCoとNISAを検討するときに、よくある疑問を3つ確認します。

• iDeCoとNISAは併用できる？
• iDeCoの所得控除に確定申告は必要？
• iDeCoとNISAで同じ投資信託を選べる？

iDeCoとNISAは併用できる？

併用できます。どちらか一方を選ぶ制度ではありません。60歳前にも使える資金と老後まで使わない資金を分け、それぞれに配分する方法があります。

iDeCoの所得控除に確定申告は必要？

給与所得者は、給与所得者の保険料控除申告書に必要事項を記載し、掛金の証明書を勤務先へ提出または提示すれば、年末調整で控除を受けられます。年末調整で控除を受けていない場合などは、確定申告で手続きします。

iDeCoとNISAで同じ投資信託を選べる？

利用する金融機関で双方の対象商品として取り扱われていれば、同じ投資信託を選べる場合があります。ただし、取扱商品は金融機関や制度ごとに異なります。制度と商品は分けて確認してください。

iDeCoとNISAを含む所得税対策なら税理士法人ネイチャー

iDeCoとNISAの配分は、所得控除の金額だけでは判断できません。現在の課税所得に加え、企業年金や退職金、60歳前の支出予定などを整理し、検討する必要があります。

また、所得の種類や立場によっては、iDeCo以外の所得控除や税務上の検討事項もあります。

税理士法人ネイチャーでは、会社員や個人事業主の方の所得税対策を専門的にご提案しています。iDeCoやNISAを超える、別の切り口からの対策方法についてお知りになりたい場合は、専門家が無料面談を通じて情報提供をさせていただけます。ぜひお気軽にお問い合わせください。

まとめ：iDeCoとNISAは目的で優先順位を決めよう

iDeCoとNISAの優先順位は、年収だけで決まるものではありません。60歳前に使う可能性がある資金はNISA、老後まで使わない資金はiDeCoを検討するのが基本です。

iDeCoは掛金が所得控除の対象になる一方、原則60歳まで引き出せません。NISAは必要に応じて売却できますが、現在の所得に対する所得控除はありません。

それぞれの制度の特徴を理解し、資金を使う時期や所得、立場に応じて配分を検討しましょう。また、必要に応じてiDeCo・NISA以外の制度や所得税対策もあわせて確認することが大切です。

所得税対策を検討したい方は、税理士法人ネイチャーの無料相談をご利用ください。