【税理士が解説】個人の不動産売却益の節税術！3000万円控除と特例の最適解

「家を売ったら、税金で半分近く持っていかれると聞いた…」
「売却益が出たけど、節税対策なんて何かあるの？」
「3000万円控除という言葉は知っているけど、自分も使えるか不安…」

個人の皆様が不動産を売却して利益（譲渡所得）が出た場合、その利益に対して高額な税金（所得税・住民税）がかかります。

しかし、ご安心ください。個人の不動産売却、特にマイホーム（居住用財産）の売却には国が認めた強力な節税策（特例）が用意されています。

この記事は、長年税理士として多くのお客様の不動産売却をお手伝いしてきたプロの視点から、個人の皆様が合法的に・最大限節税するための具体的な方法をどこよりも分かりやすく解説。

この記事を読めば、あなたがどの特例を使うべきか、税金で損をしないために今何をすべきかが明確になるでしょう。

まず確認！不動産売却益（譲渡所得）の基本と税率

節税を考える前に、まずは「何に」「どれくらい」税金がかかるのかを知る必要があります。

売却益（譲渡所得）とは？計算式をチェック

不動産売却で税金がかかるのは、売却金額そのものではありません。売却で得られた利益に対してのみ課税されます。この利益を譲渡所得と呼びます。

• 譲渡所得の計算式
  譲渡所得（売却益） = 売却金額 －（取得費 ＋ 譲渡費用）

売却金額とは、買主に売った価格、取得費とは、売却した不動産を買ったときの価格や建築代金、購入時の諸費用（仲介手数料、登記費用など）です。譲渡費用とは、売却するために直接かかった費用（仲介手数料、印紙税、測量費、建物の解体費用など）です。

計算結果がマイナス（赤字）であれば、税金はかからず、原則として確定申告も必要ありません。（ただし、損失の特例を使う場合は申告が必要です）

【税理士の視点】取得費が不明な場合はどうする？

「親から相続したから、買った値段が分からない…」

これは実務で非常によくあるケースです。取得費が分からない場合、税務署は売却金額の5%を取得費とみなすことができます（概算取得費）。

（例）5,000万円で売却 → 取得費はわずか250万円

これでは利益が過大になり、税金が跳ね上がります。当時の売買契約書や登記簿謄本などを必死に探し、実際の取得費を証明することが節税の第一歩です。

税率は所有期間で決まる！5年超えがカギ

譲渡所得にかかる税率は、不動産の所有期間が「売却した年の1月1日時点」で5年を超えているかどうかで決まります。

「あと数ヶ月待てば長期になったのに…」という失敗は避けたいところです。売却タイミングも重要な節税戦略の一つです。

個人の節税はこれが王道！最優先で検討すべき3000万円特別控除

ここからが本題です。個人の不動産売却における節税策は無数にあるわけではありません。

税理士として断言しますが、節税の9割は「3000万円特別控除」が使えるかどうかにかかっています。

3000万円特別控除とは？

簡単に言えば、マイホーム（自分が住んでいた家）を売った利益（譲渡所得）が3,000万円までなら、税金をゼロにしますという最強の特例です。

（例）譲渡所得が2,500万円の場合

• 特例なし → 2,500万円 × 20.315% ＝ 約507万円の税金
• 特例あり → 2,500万円 － 3,000万円 ＝ マイナス（課税所得ゼロ） → 税金0円

あなたは使える？主な適用要件チェックリスト

この特例は強力なだけに、要件が細かく定められています。

• 自分が住んでいる家（マイホーム）を売ること。
  （注意）別荘、セカンドハウス、賃貸アパートは対象外です。
• 住まなくなってから3年以内に売ること。
  （例）転勤で引っ越した場合でも、3年目の年末までに売ればOKです。
• 売却した年の前年・前々年にこの特例を使っていないこと。
• 売却相手が親子や夫婦、親族が経営する会社ではないこと。
  （注意）家族間売買では使えません。
• 所有期間の長さは問われません（短期でも長期でもOK）。

【重要】相続した空き家を売る場合は別の特例

親が住んでいた実家（空き家）を相続して売ったというケースでは、上記の3000万円特別控除は原則使えません（自分が住んでいなかったため）。

しかし、その代わりとして「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除」（通称：相続空き家の3000万円控除）という、よく似た制度があります。

主な要件:

• 相続（または遺贈）で取得した家であること。
• 昭和56年5月31日以前に建てられた家（旧耐震基準）であること。
• 相続時から売却まで、事業用や賃貸、居住用に使われていない（空き家だった）こと。
• 売却時に耐震基準を満たしているか、家を取り壊して更地で売ること。
• 相続開始から3年目の年末までに売ること。

特に耐震リフォームか更地にする必要がある点が、マイホームの3000万円控除との大きな違いです。

また、2024年1月1日以降の譲渡で相続人が3人以上いる場合、控除額の上限が一人あたり2,000万円に減額されます（相続人が2人以下の場合は3,000万円控除）。

併用は？買い替えは？ケース別・節税特例の最適解

3,000万円控除以外にも、状況に応じて使える特例があります。しかし、ここで最大の注意点があります。どの特例と、どの特例が併用できるかです。

パターン1：【最強セット】所有期間10年超えの場合

もし、売却したマイホームの所有期間が10年を超えている場合、さらに有利な特例があります。

• 「10年超所有軽減税率の特例」
  譲渡所得のうち6,000万円以下の部分について、税率がさらに低くなります（長期譲渡の20.315% → 14.2875%）。

そして、この特例は……3000万円特別控除と併用可能です！

• （例）譲渡所得が5,000万円、所有期間12年のマイホームの場合
  1. 3,000万円控除を適用 → 課税される譲渡所得は 5,000万 – 3,000万 = 2,000万円
  2. 2,000万円（6,000万円以下）に軽減税率を適用
  3. 税額：2,000万円 × 14.2875% ＝ 約285万円

もし軽減税率がなければ、2,000万円 × 20.315% ＝ 約406万円でした。約121万円も節税できる、これが最強の組み合わせです。

パターン2：【究極の選択】マイホームを買い替える場合

古い家を売って、新しい家を買う（買い替える）方も多いでしょう。

この場合、2つの選択肢があります。

1. 3000万円特別控除（上記）
2. 特定の居住用財産の買換えの特例

「買換えの特例」とは「売った金額より高い家（または同等）に買い替えるなら、今回の売却益にかかる税金は、将来その新しい家を売る時まで繰り延べ（先送り）しますよ」という制度です。（※節税ではなく、あくまで課税の繰り延べです）

【超重要】この2つの特例は併用不可です！どちらか一方、有利な方を選ばなければなりません。

（1）「3000万円控除」を選ぶ基準:

• 売却益が3,000万円以下に収まる（税金が0円になるため）。新しく買う家が、売った家より安い。
• 将来、新しく買った家を売る予定がない（終の棲家にする）。

（2）「買換えの特例」を選ぶ基準:

• 売却益が数千万円〜億単位になり、3,000万円控除を使っても多額の税金が出る。
• 新しく買う家が、売った家より高い。

（注意）この特例には「所有期間10年超」「居住期間10年以上」など、3000万円控除より厳しい要件があります。

パターン3：売却して損が出た場合

「買った時より安くしか売れなかった…」

マイホームを売却して利益（譲渡所得）ではなく、損失（譲渡損失）が出た場合、税金はかかりません。しかし、一定の要件（例：マイホームの所有期間が5年超）を満たせば、「譲渡損失の損益通算及び繰越控除」という特例が使えます。売却で出た損失を、その年の給与所得や事業所得など他の所得と相殺（損益通算）できる制度です。

（例）給与所得800万円、不動産売却の損失500万円

• → 損益通算して、その年の所得は300万円として税金（所得税・住民税）が計算されます。
• → 結果として、納めすぎた源泉所得税が戻ってきます（還付）。

損失が出た場合でも、確定申告をすることで税金が戻ってくる可能性があるのです。

税理士が警告！個人の節税で絶対やってはいけない落とし穴

特例には厳しい要件があり、一つ間違うと多額の税金を払うことになります。私が実務で見てきたよくある失敗例をご紹介します。

落とし穴1：3000万円控除と住宅ローン控除の併用

これは絶対にできません。

3000万円控除（または買換え特例、相続空き家の特例）を使った年、その前年、前々年、翌年、翌々年は、新しく購入した家について「住宅ローン控除（減税）」を受けることができません。

（例）2024年に家を売って3000万円控除を使った場合

• → 2024年〜2026年に新しい家を買って入居しても、住宅ローン控除は使えません。

売却益の節税と購入時の節税のどちらを取るか、シミュレーションが必要です。

落とし穴2：経費の計上漏れ

節税の基本は利益（譲渡所得）を減らすことです。

特例に目が行きがちですが、譲渡費用や取得費を漏れなく計上することが非常に重要です。

• 取得費になるもの: 購入時の仲介手数料、登記費用、不動産取得税、印紙代、リフォーム費用など。
• 譲渡費用になるもの: 売却時の仲介手数料、印紙代、測量費、建物の解体費用、立退料など。

（注意）固定資産税、引越し費用、修繕費（通常の維持管理費）は経費になりません。

領収書や契約書は1円でも多く集めてください。

落とし穴3：特例を使ったのに確定申告をしない

「3000万円控除を使ったら利益がゼロになった。だから申告しなくていいや」これは大きな間違いです。

3000万円控除をはじめとする節税特例は、確定申告をして、初めて適用が認められます。申告をしなければ、税務署はあなたが特例を使う意思がない（＝特例なしの税金を払う）と判断します。

利益がゼロになる場合でも、特例を使う場合は必ず確定申告（売却した翌年の2月16日〜3月15日）を行ってください。

まとめ：個人の不動産売却益の節税は判断の連続。迷ったら専門家へ

最後に、個人の不動産売却益に関する節税のポイントをまとめます。

1. 税金は「利益（譲渡所得）」にかかる。まずは取得費や譲渡費用を正確に計算することがスタート。
2. 節税の王道は「3000万円特別控除」。マイホーム（居住用）なら、まずこの適用を考える。
3. 相続した「空き家」は、別の特例（耐震改修or更地が要件）を検討する。
4. 買い替えの場合は、「3000万円控除」と「買換え特例」の有利な方を選択する（併用不可）。
5. 「住宅ローン控除」とは併用できないなど、厳しい制限に注意する。
6. 特例を使う（税金がゼロになる）場合でも、必ず確定申告が必要。

不動産の節税は、特例の要件が非常に複雑で、かつ金額が大きいため、一つの判断ミスが数百万円の損失に繋がります。

「自分の場合は、どの特例が一番得なんだろう？」
「取得費の資料が全く見つからない…」
「買い替えと住宅ローン控除、どう判断すべきか分からない」

少しでも不安を感じたら、ご自身で判断せず、必ず不動産売却に強い税理士に相談してください。申告期限を過ぎてからでは、取り返しがつかないケースがほとんどです。