会社売却の税金とは？手取りを増やす税金対策を税理士が解説

長年育ててきた会社を売却する経営者にとって、売却金額と同じくらい重要なのが最終的に手元に残る資金です。会社を売却すると多額の税金が発生します。事前の対策なしに売却を進めれば、本来残せたはずの数千万円から数億円規模の資金を失いかねません。

たとえ高値で売却できても、税務の知識がなければ手取額は大幅に減少します。税理士法人ネイチャーは、富裕層の皆様の資産を守る専門家として、数多くのM&Aにおける税務戦略を立案してきました。

本記事は会社売却における税務の基礎から、手元資金を最大化する税務対策までを網羅しています。会社を売却した際の税金は、売却の前にどのような準備をするかで決まります。

会社売却にかかる税金

会社を売却して利益が出た場合、売却益に対して税金がかかります。しかし、税金の計算方法や税率は一律ではありません。

売却手法によって変わる納税の主体と税率

会社を売却する方法には、主に「株式譲渡」と「事業譲渡」があります。株式譲渡は経営者個人が保有する株式を売却する手法であり、納税主体は経営者個人です。対照的に、事業譲渡は会社の一部または全部の事業を売却する手法であり、納税主体は法人となります。

個人が受け取るか会社が受け取るかの判断基準

税金を個人が払うか、会社が払うかによって、税率が大きく異なります。一般的に個人の場合は約20%、法人の場合は約30%〜34%の実効税率が適用されます。どちらの手法が有利かは、売却後の資金使途によって決定します。

株式譲渡による会社売却でかかる税金

中小企業のM&Aで主流となっているのが株式譲渡です。株式譲渡は税率が低く、手続きもシンプルなため、多くの経営者に採用されています。

所得税・住民税を合わせた20.315%の内訳

株式を売って出た利益（譲渡所得）には、合計で20.315%の税金がかかります。内訳は所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%です。

取得費が不明な場合の5%ルール

株式の取得費には注意が必要です。設立から長期間経過し、出資額を証明できない場合は、売却価格の5%を取得費として計算しなければなりません。

たとえば売却価格が1億円の場合、本来の出資額が高額でも5%にあたる500万円しか控除できず、税負担が増えます。

ただし、中小企業のM&Aにおいては実際の取得費(株式を取得する際に会社に入れた金額)よりも、5%の概算取得費の方が高くなるケースも往々にしてございます。この場合は、有利な方を適用していいルールになっておりますので、比較検討を忘れないようにしましょう。

税制改正により令和9年以降の税負担が重くなるリスク

本来は株式の譲渡所得には上記の約20.315%の課税が行われますが、実は近年、この分離課税に対しての課税の強化が行われております。下記の算式により計算した金額が、従来の計算方法で計算した所得税の額を超える場合は、その超えた部分が追加で課税されます。

※基準所得金額=総合課税及び分離課税の各種所得金額の合計(特定口座において確定申告不要制度を適用した配当所得や譲渡所得も含む)

例えば総合課税の対象となる所得が他にないとすれば、10億円の株式譲渡益がある場合で比較すると令和9年以降は約1億円、税負担が重くなる見込みです。譲渡益が大きくなればなるほど影響が大きくなりますので、ご留意ください。

事業譲渡による会社売却でかかる税金

事業譲渡は特定の事業部門や資産（不動産や設備など）を切り離して売る方法です。

実効税率30%超の法人税

事業譲渡で出た利益には法人税がかかります。法人税の実効税率は約30%〜34%です。売却対象資産に建物や設備が含まれる場合、買い手から消費税を受け取り、受け取った消費税を国に納付する必要があります。

事業譲渡を選択すべきケース

会社に多額の「繰越欠損金（赤字）」がある場合、事業譲渡の利益と相殺すれば、法人税額をゼロに抑えられる可能性があります。繰越欠損金が存在するケースでは、株式譲渡よりも事業譲渡の方が手元資金が増加する場合があります。

株式の発行会社への売却でかかる税

株式の現金化には外部への売却(M&A)以外に、自身が経営する会社に自社株を買い取らせる「自己株式取得」という手法も存在します。しかし、自己株式取得は税務上、慎重な判断が求められます。

最大55%の税率が適用されるリスクとは

発行会社に株式を売却した場合、譲渡益の大部分が「みなし配当」として配当金に分類される場合があります。みなし配当に該当すると総合課税となり、他の所得と合算されて最大約56%（復興特別所得税含む）の税率が適用されかねません。税率が20%から56%へ上昇すれば、手取り額は大幅に減少します。

ただし相続により取得した株式についてはその申告期限から3年間は、自社株買いにより実現した所得税が約20%の分離課税となる特例があります。

自己株式取得を検討する際の税務判断

会社売却の出口戦略として自己株式取得を使う場合は、事前の税務シミュレーションが不可欠です。専門家の知見なしに進めると、予期せぬ多額の税負担が生じるリスクが高まります。

会社売却の税金を抑える節税対策

富裕層が実践する効果的な税務対策を解説します。複数の手法を組み合わせれば、税負担を大幅に軽減できる可能性があります。

役員退職金の活用による所得分散

売却価格の一部を、株式の譲渡代金ではなく「役員退職金」として受け取る方法です。退職金には「退職所得控除」があり、退職所得控除に加えて、利益の2分の1のみが課税対象となる優遇措置があります。譲渡益として20%の税金を納付するより、退職金として受け取った方が実質的な税率を抑えられるケースが多数存在するためです。

特に勤続年数が長いケースですと、かなりの額の退職所得控除も適用できますので、さらに効果が大きくなってまいります。

資産管理会社（プライベートカンパニー）への株式移転

経営者個人が株を持つのではなく、あらかじめ設立しておいた資産管理会社に株を持たせておく方法です。売却資金を個人の口座へ入れず法人内で運用すれば、将来の相続税対策を有利に進められます。

また株式を売却する際は資産管理会社にて株式の売却益を認識しますが、その際例えば全額を経費算入できる事業投資などを行うことで、株式の売却益による益金と事業投資の実施による損金を通算し、法人税の発生が結果的に抑えられ、スムーズにEXIT後の安定投資への移行が行えるというメリットもございます。

M&A仲介手数料やデューデリジェンス費用の適切な計上

会社を売るために支払ったM&A仲介会社への手数料は「譲渡費用」として利益から差し引けます。また弁護士や税理士などに支払う報酬も対象となる可能性があります。関連費用を漏れなく計上すれば、課税対象額を適切に圧縮可能です。

会社売却後の確定申告と納税のスケジュール

会社を売却して利益が出た翌年には原則として確定申告が必要です。

申告時期と納税資金の確保に関する注意点

確定申告は売却した翌年の2月16日から3月15日までに行います。10億円で売却して2億円の税金を納める場合、納税分の2億円は3月15日までに現金で用意しなければなりません。売却資金を即座に別の投資へ回した場合、納税資金が不足するリスクがあるため注意が必要です。

会社売却の税金対策なら税理士法人ネイチャーへ

税理士法人ネイチャーは、資産規模が大きいお客様に特化した、日本最大級のコンサルティングファームです。会社売却は経営者にとって極めて重要な経営決断です。

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まとめ：会社売却の税金を最小化して次なるステージへ

会社売却にかかる税金は、株式譲渡であれば約20.315%が基本ですが、手法の選び方や事前の準備次第で、その負担は大きく変わります。役員退職金の活用や取得費の精査、資産管理会社の運用といった対策を、売却交渉の開始前から検討すべきです。税金負担の最小化は、ご自身やご家族の資産、そして次期事業の原資を守る結果に直結します。 

会社売却に伴う税金のシミュレーションや、具体的な節税対策をご希望の方は、ぜひ一度無料相談をご活用ください。またEXIT後に富裕層がどのようにして安定的に資産を運用しているかという事例も、多数お伝えすることができます。貴社にとって最適な出口戦略を、経験豊富な専門家が共に考えます。