開業医の年収と手取りはいくら？計算方法や手残りの見直し方を解説

「開業してから診療所の売上は伸びた。事業所得も勤務医時代より大きく増えた。それでも、預金や運用資産の残高はあまり変わらない。」そう感じている院長は少なくありません。

原因のひとつは、「年収」という言葉のあいまいさです。売上、事業所得、税引後の手取り、資産形成に回せるお金は、それぞれ異なります。

この記事では、公的統計をもとに開業医の平均的な収入水準を確認したうえで、事業所得2,000万円・3,000万円・5,000万円における手取り額を試算します。あわせて、借入金元本の返済や設備投資の影響まで踏まえ、実際に手元へ残る実質的なキャッシュフローを整理しました。

読み終えるころには、自院の数字をどこで区切って確認すべきかが分かります。開業医の年収は、税引後の手取りだけでなく、資産形成に回せる金額まで確認することが重要です。

開業医の手取り年収の平均はいくら？

厚生労働省の第25回医療経済実態調査をもとに、開業医の年収を考えるうえで参考になる代表的な数値を確認します。

注意したいのは、3つの数値は性質が異なり、そのまま比較できない点です。

個人診療所では、開設者の報酬相当額が給与費に含まれていません。損益差額には開設者の報酬相当部分のほか、建物や設備の改善などに充てる内部資金が含まれる場合があります。そのため、損益差額をそのまま院長個人の年収や手取りとはみなせません。

実際の手取りは、事業所得や給与から所得税・住民税、社会保険料などを差し引いて考えます。個人開業では借入金の元本返済など、所得計算上の必要経費にならなくても現金が出ていく支出もあります。

そのため、開業医の手取りは平均値だけでなく、自院の所得や税金、社会保険料、借入金の返済額などをもとに確認することが重要です。診療科や患者数、診療単価、経費率などによっても金額は変わります。

勤務医側の水準との比較はこちらもあわせてご覧ください。

2026年7月29日 勤務医の年収3,000万円は現実的？おすすめの資産運用も紹介

開業医の手取り年収に影響する要素

平均年収だけでは、自院の水準が高いのか低いのか判断できません。開業医の年収と手取りを左右する5つの要素を確認します。

• 診療科によって収益構造が変わる
• 開業地域によって収益性が変わる
• 自由診療の割合によって診療単価が変わる
• 患者数によって医業収益が変わる
• 経費率によって所得が変わる

診療科によって収益構造が変わる

診療科が違えば、収益構造も変わります。診療単価や必要な医療機器、スタッフの人数などが異なるためです。高額な医療機器や設備が必要な診療科では、減価償却費や保守費用が大きくなる場合があります。

同じ患者数でも、診療科や経費によって院長の所得には差が生じます。平均年収ランキングだけでは、自院の水準を正確に判断できません。

開業地域によって収益性が変わる

地域は、収益と経費の両方に影響します。

人口構成が違えば、来院する患者層も変わり、高齢者が多い地域と子育て世代が多い地域では、求められる診療内容も異なります。

また、賃料や人件費、競合する医療機関の数なども地域によって異なるため、開業地域の収益性は、患者数だけでなく、地域の需要と経費の両面から確認することが重要です。

自由診療の割合によって診療単価が変わる

保険診療は、診療報酬制度にもとづいて算定します。一方、自由診療では、医療機関が料金を設定できるため、自由診療の内容や割合によって、患者1人あたりの診療単価は変わります。

ただし、自由診療では広告費がかかる場合があるという点に注意が必要です。専用の機器や材料が必要になることもあります。診療単価が高くても、利益が同じだけ増えるとは限りません。

患者数によって医業収益が変わる

患者数は、医業収益を左右する重要な要素です。診療日数や1日あたりの受付枠などが変われば、年間の患者数や収益にも影響します。

ただし、患者1人あたりの診療単価も異なるため、患者数だけで収益は決まりません。患者数と1人あたりの診療単価をあわせて確認することが重要です。両方を見ることで、自院の収益構造を把握しやすくなります。

経費率によって事業所得が変わる

医業収益が同じでも、経費率が違えば所得は変わります。人件費、賃料、医薬品費、医療材料費、リース料などが主な経費です。

たとえば、売上1億円の個人診療所で、経費率が70％なら単純計算した所得は3,000万円です。75％なら2,500万円となります。経費率が5ポイント違うと、この例では年間500万円の所得差が生じます。

個人開業医の年収から手取りを計算する方法

個人開業医の手取りは、医業収益から必要経費や税金などを順に差し引いて考えます。計算は3つの手順に分かれます。

• 医業収益から必要経費を差し引く
• 事業所得から税金等を差し引く
• 実質的な手残りを確認する

医業収益から必要経費を差し引く

最初の手順は、事業所得の計算です。

医業収益から、人件費、賃料、医薬品費、医療材料費、水道光熱費、減価償却費などの必要経費を差し引きます。青色申告で一定の要件を満たす場合は、青色申告特別控除も適用できます。

事業所得の段階では、まだ所得税や住民税、生活費は差し引かれていません。減価償却費など現金の支出を伴わない経費もあるため、診療所の通帳残高とも一致しません。

事業所得から税金等を差し引く

次の手順は、税金と社会保険料の計算です。

事業所得などから社会保険料控除や基礎控除などの所得控除を差し引き、課税所得を求めます。課税所得をもとに所得税と復興特別所得税を計算し、別途、住民税も負担します。

基礎控除は、合計所得金額が2,500万円を超えると0円です。所得水準によって基礎控除の金額が異なる点に注意が必要です。

個人事業税において、医業・歯科医業は「第3種事業（税率5％）」に区分されますが、地方税法上の特例により、社会保険診療報酬に対応する所得は非課税とされています。

したがって、個人開業医における個人事業税は、原則として自由診療（自費診療）や診断書作成料、予防接種などの保険外収入から生じた所得に対してのみ課税されます。

保険診療中心のクリニックであれば個人事業税の負担は抑えられますが、自由診療の比率が高いクリニックでは想定以上の税負担となる場合があるため、所得税とは分けて試算しておきましょう。

実質的な手残りを確認する

税引後の金額と、実際に手元に残る金額は異なります。税引後の手取りから借入金の元本返済や将来の設備更新に備える資金などを考慮し、生活費や資産形成に回せる金額を確認します。

借入金の元金返済を差し引く

開業資金などの借入金返済には、元金と利息があります。

医療機関の財務において最もキャッシュフローを圧迫しやすいのが「借入金の返済」です。税務上、借入金の利息部分は必要経費に算入できますが、「元金の返済額」は経費になりません。

すなわち、元金返済は「税金を支払った後の手残りキャッシュ」から支出しなければならないため、帳簿上の事業所得が3,000万円あっても、年間の元金返済が1,000万円あれば、実質的な手元資金は一気に減少します。「所得が出ているのに手元にお金が残らない」という事態を防ぐためにも、損益計算書（所得）だけでなく、元金返済を含めた資金繰りベースでの検証が不可欠です。

設備更新資金を確保する

医療機器や内装、電子カルテなどは、将来の更新に備えて資金を確保しなくてはなりません。更新時期や必要な金額は、設備の種類や使用状況によって異なります。減価償却費を必要経費に計上していても、設備を更新する際には実際の資金支出が発生します。

税引後の手取りだけで判断せず、将来の設備投資も含めて手元資金を確認することが重要です。

開業医の年収別の手取りはいくら？

個人開業医を想定し、事業所得別の概算手取りを整理します。前提条件は次のとおりです。

所得税は令和8年分の税率・基礎控除を用い、住民税は対応する所得に対して概算しています。社会保険料は年100万円と仮定しました。所得控除は社会保険料控除と基礎控除のみとし、個人事業税や社会保険診療報酬の所得計算の特例などは考慮していません。

実際の金額は、加入する医師国保などの保険制度や各種所得控除、個人事業税などによって変わります。あくまで概算としてご覧ください。

事業所得が2,000万円から5,000万円へ2.5倍になっても、この試算では税・社会保険料控除後の金額は約2.1倍です。さらに、借入金の元本返済などがあれば、実際の手元資金は少なくなります。

事業所得3,000万円のケースで確認します。税・社会保険料控除後は約1,711万円です。仮に元本返済が600万円、設備更新に備える資金が300万円なら、残りは811万円となります。生活費も考慮したうえで、資産形成に回せる金額を確認する必要があります。

医療法人の開業医が手取りを計算する方法

医療法人になると、院長個人は原則として法人から役員報酬を受け取ります。個人開業とは、所得や税金の計算方法が変わります。

注目したいのは、利益の帰属先が変わる点です。法人に残った利益は法人に帰属するため、院長個人のお金として自由に使うことはできません。個人が受け取る場合は、役員報酬や退職金など、支給の内容に応じて適切な税務・会計処理が必要です。

そのため、医療法人では院長個人の手取りだけでなく、法人に残る資金もあわせて確認します。役員報酬の金額によって、院長個人と法人それぞれの所得や税・社会保険料の負担が変わります。法人の資金繰りや将来の設備投資なども踏まえ、法人と個人の両面から検討することが重要です。

開業医の手取りを増やすための5つの見直し

税額の大小だけで判断すると、手元の現金が減る場合があります。支出額や将来受け取る金額まで含めて確認します。

1. 必要経費の計上漏れを確認する
2. 不要な経費支出を見直す
3. 概算経費の特例による税額を試算する
4. 所得控除による実質負担額を確認する
5. 医療法人化後の手残りを試算する

1. 必要経費の計上漏れを確認する

まず確認したいのは、必要経費の計上漏れです。

判断の軸は、業務との関連性です。診療所の運営に必要な支出かどうかを確認します。自宅兼診療所のように、業務と私用が混在する支出は、業務に必要な部分を合理的に区分します。

支払いの記録に加え、業務との関連性を確認できる資料を残すことが重要です。領収書だけでは、必要経費に該当するか判断できない場合もあります。

2. 不要な経費支出を見直す

経費を増やせば課税所得は減ります。ただし、税負担を減らすためだけの支出では、手元資金が減る場合があります。

想定事例：税負担だけを見て医療機器を購入したケース
事業所得3,000万円の内科クリニックが、1,200万円の医療機器を購入したとします。通常、一定額以上の医療機器は取得時に全額を必要経費とするのではなく、法定耐用年数に応じて減価償却します。税負担が軽くなっても、購入代金の支払いによる資金流出のほうが大きくなる場合があるので注意が必要です。

医療機器は、原則として法定耐用年数に応じて減価償却します。取得した年に購入額の全額を必要経費にできるとは限りません。

税負担だけでなく、購入による資金流出や収益への効果も確認することが重要です。設備投資は、診療上の必要性や投資効果、資金繰りを踏まえて判断します。

3. 概算経費の特例による税額を試算する

個人開業医には、租税特別措置法第26条に基づく「社会保険診療報酬の所得計算の特例（いわゆる概算経費の特例・四段階税制）」が設けられています。

当該年における「社会保険診療報酬の金額が5,000万円以下」かつ「自由診療等を含めた医業収入の総額が7,000万円以下」である場合、実際にかかった実額経費ではなく、社会保険診療報酬に一定の法定割合（最大72％）を乗じた金額を「概算経費」として申告することが認められています。

実額の必要経費が少ない小規模な診療所や開業初期のクリニックでは、実額申告よりもこの特例を選択した方が所得税・住民税を大幅に圧縮できるケースがあるため、確定申告時には実額経費との比較試算を行うことが有効です。

4. 所得控除による実質負担額を確認する

小規模企業共済等掛金控除のように、掛金の支払いをともなう所得控除があります。小規模企業共済は従業員数などの加入要件があるため、対象になるかを先に確認しましょう。

加入できる場合は、掛金による所得控除だけでなく、実際の資金負担も確認します。また、制度によっては受取時に課税されるため、受取方法を含めた税負担の確認も必要です。

支払時の税負担だけでなく、資金を受け取る時期や受取時の課税まで確認することが重要です。手元の資金繰りに無理がないかも判断材料になります。

5. 医療法人化後の手残りを試算する

法人化の判断は、所得の金額だけでは決められません。

院長個人の手取り、法人に残る資金、社会保険料、法人の維持費、将来の退職金などを総合的に比較します。

医療法人では、原則として社会保険への加入が必要となり、法人にも保険料負担が生じ、厚生年金の加入期間や標準報酬などは、将来の年金額にも関係します。

一般に「個人開業医の事業所得が1,800万〜2,000万円を超えたら法人化の検討ライン」と言われることが多いものの、一律の所得基準だけで判断するのは危険です。

医療法人化によって個人の超過累進税率（最大55％）から法人税の実効税率（約34％程度）へ税負担を分散できるメリットがある反面、社会保険料の法人負担の発生、交際費の損金算入限度、設立・維持コスト、さらには法人に残った利益を個人の生活費として自由に引き出せないといった制約が伴います。

単に個人の所得税がいくら下がるかではなく、「法人と院長個人を合算したトータルの手残りキャッシュフローが年間でどう変化するか」をシミュレーションしたうえで意思決定を行うことが重要です。

開業医の手取りから資産形成額を決める

手取りが分かったら、次は資金の配分を決めます。

納税や借入返済、将来の設備更新に備える資金、生活費などを見積もります。そのうえで、余裕資金のうち、年間で資産形成に回せる金額を確認しましょう。

所得は高いのに資産が増えていない場合、税負担だけでなく、支出や資金配分まで確認することが重要です。確認したいのは、毎年どのくらい個人の資産として残せているかという数字です。

資金の配分が決まっていなければ、余裕資金を活用できていない場合があります。また、物価上昇率が預金金利を上回る状況では、預金の実質的な価値は低下します。一方、運用には価格変動などのリスクを伴う点に注意が必要です。必要な手元資金を確保したうえで、運用する金額や期間を検討することが大切です。

開業医の税金対策なら税理士法人ネイチャー

開業医の手取りは、個人開業を続けるか、医療法人化するかで計算方法が変わります。役員報酬、法人に残す資金、借入返済、資産形成に回す金額は、相互に影響します。

税理士法人ネイチャーでは個人開業医の方が、どのような所得税対策を行うことができるのか、専門家が無料面談を通じてアドバイスをさせて頂いております。医療法人化以外の選択肢をお知りになりたい場合は、お気軽に初回面談をご活用ください。

なお、税理士法人ネイチャーでは、原則として顧問契約を承っておりません。決算対策や所得税対策、資産形成などのご相談にスポットで対応する、セカンドオピニオン専門の税理士法人です。現在の顧問税理士との関係はそのままに、必要なテーマについてご相談いただけます。

まとめ：開業医の年収は資産形成に使える手残りまで確認しよう

開業医の平均年収や税引後の手取りだけでは、資産形成に回せる金額までは分かりません。

借入金の元本返済は必要経費になりません。また、将来の設備更新にも資金が必要です。税引後の手取りから事業に必要な資金や生活費などを考慮し、資産形成に回せる金額を確認することが重要です。

個人開業医の場合は、自院の数字を医業収益、事業所得、税引後の手取り、実際に手元に残る資金の順に確認してみてください。どの段階で資金が減っているかを把握しやすくなります。

そのうえで、開業医の方の所得税対策について検討する際は、ぜひ一度ご相談ください。税理士法人ネイチャーでは、初回無料でご相談を承っています。