長年地域で診療を続けてきたものの、後を継ぐ医師が見つからない。引退の時期が近づくなか、こうした悩みを抱える開業医は少なくありません。
個人開業のクリニックは、医療法人と違って出資持分の評価という論点がなく、届出を中心に手続きが進むため、比較的シンプルに承継を進めやすいのが特徴です。ただし、譲渡すれば院長個人に所得税・住民税が課され、手元に残る金額は資産の配分や譲渡の時期によって変わります。
この記事では、個人開業クリニックの事業承継の仕組み、譲渡価格の考え方、引退資金を守るために押さえておきたい税務上の論点を、税理士の視点から整理して解説します。「いくらで譲れば、税金や諸費用を差し引いていくら手元に残るのか」を試算するために必要なポイントを順に確認していきましょう。
クリニック（個人開業）の事業承継の仕組み
個人開業クリニックの事業承継では、医療法人とは承継する対象や必要な手続きが異なります。ここでは、個人開業と医療法人の違い、現院長による廃止と新院長による開設の手続きをどのように進めるのかを整理します。
医療法人の譲渡に比べて引き継ぎがシンプル
個人開業の場合は、医療機器や備品、医薬品等の在庫、営業権（のれん）など、事業を構成する資産を個別に引き継ぐのが基本です。
診療所の土地・建物を院長個人が所有している場合には、それらを後継者へ売却するのか、引退後も所有して新院長へ賃貸するのかといった点も検討します。
一方、医療法人のような出資持分の評価や、法人内部の社員・役員構成の変更といった論点は原則としてありません。そのため、承継スキームそのものは整理しやすい場合があります。
ただし、診療所の開設者としての地位や保険医療機関の指定が、通常の事業用資産と同じようにそのまま後継者へ移るわけではありません。保健所や地方厚生（支）局への手続き、賃貸借契約、従業員、診療録などの引継ぎを個別に確認する必要があります。
医療法人の承継では、法人を存続させたまま社員・役員等を変更する方法や、事業譲渡等を利用する方法などがあり、医療法人の形態や採用する承継方法によって必要な手続きが変わります。
また、2007年4月1日以後に新たに設立される社団医療法人は、持分なし医療法人とされています。それ以前から存続している持分あり医療法人では、出資持分の評価が承継や相続の重要な論点となります。
| 個人開業クリニック | 医療法人 | |
| 譲る対象 | 医療機器・備品、在庫、営業権、土地・建物等の事業用資産 | 出資持分（持分あり法人の場合）または理事長の地位 |
| 主な手続き | 診療所の廃止・開設、保険医療機関の指定申請など | 社員総会等の法人内部手続き、役員・代表者の変更、登記・都道府県への届出など |
| 現院長への課税 | 譲渡する資産の種類に応じて譲渡所得・事業所得等。一定の場合は消費税も検討 | 持分の譲渡では譲渡所得、退職金を受け取る場合は退職所得など。承継方法によって異なる |
| 承継までの期間 | 開設者変更に伴い旧診療所の廃止と新診療所の開設を調整する | 医療法人自体を存続させる承継も可能だが、定款・社員・役員・持分の有無などに応じた検討が必要 |
個人開業のまま承継する場合、医療法人の出資持分を評価するという論点は原則として生じません。
その一方、譲渡代金に含まれる医療機器、営業権、在庫、土地・建物などは税務上の取扱いがそれぞれ異なります。クリニック全体の譲渡価格だけでなく、どの資産にいくらの対価を配分するのかまで契約前に検討することが重要です。
参照：厚生労働省「医療法人制度について」／第五次医療法改正（平成19年4月1日施行）
現院長の廃業届と新院長の開業手続きを同時に進める
個人開業のクリニックには法人格がないため、開設者だけを変更する手続きは制度上ありません。実務上は、現院長が診療所を廃止し、新院長が新たに開設する届出をセットで進めます。
医療法上、個人の医師が診療所を開設した場合は原則として開設後10日以内、診療所を廃止した場合も廃止後10日以内に届出が必要です。
ただし、保険診療を継続するクリニックでは、実際の承継日より前から保健所や地方厚生（支）局と調整しておく必要があります。
特に重要なのが、保険医療機関の指定です。
開設者が変わった場合、原則として従前の保険医療機関の指定がそのまま新院長へ引き継がれるわけではなく、新たな開設者が保険医療機関の指定申請を行います。
新たに保険医療機関の指定を受ける場合は、通常、指定申請を行った翌月1日が指定日となります。ただし、申請の締切日や必要書類などは管轄する地方厚生（支）局で確認する必要があります。
一方、クリニックの事業承継では、患者への診療を途切れさせないため、一定の要件を満たせば「遡及指定」が認められる場合があります。
2026年6月5日付の厚生労働省通知により、2026年9月1日から遡及指定について全国統一的な新しい取扱いが適用されます。
一定の要件を満たし、地方社会保険医療協議会で認められた場合には、旧医療機関の廃止日と原則として同日または翌日を新医療機関の指定日とすることが可能です。
ただし、遡及指定を希望する場合の手続きは一律ではありません。新ルールでは、主に次の3つに分けて取り扱われます。
- 開設者の死亡・病気等により緊急に承継する場合
- 所在地を変えない一定の開設者変更や、至近距離への移転の場合
- 上記以外の場合
たとえば、所在地を変えず、個人開設者から血族やその診療所に勤務する保険医等へ開設者を変更するなど、一定の要件を満たすケースでは、遡及指定のための3か月前の予定届出書による事前相談は不要とされています。
一方、これらに該当しない事業承継などでは、原則として遡及指定を希望する日の3か月前までに予定届出書を地方厚生（支）局へ提出し、事前相談を行う必要があります。
第三者の医師へクリニックを譲渡する場合には、どの類型に該当するかによって準備時期が変わるため、譲渡契約を締結する前の段階から管轄の地方厚生（支）局へ相談しておくとよいでしょう。
また、2026年4月1日からは、外来医師過多区域における無床診療所の新規開設について新しい制度が始まっています。
都道府県知事が指定する「外来医師過多区域」で無床診療所を新たに開設する場合は、原則として開設日の6か月前までに、地域で不足する外来医療を提供する意向などを都道府県知事へ届け出る必要があります。
個人開業クリニックの事業承継でも、開設者が変われば新院長による新たな診療所の開設として扱われるため、承継する診療所が無床で外来医師過多区域に所在する場合には、この制度への対応も確認しておく必要があります。
ただし、前開設者の死亡など予期しない事情により急きょ事業承継が必要になった場合など、都道府県知事がやむを得ない事情と認めるケースには、6か月前の事前届出について猶予・免除の取扱いがあります。
このように、個人開業クリニックの事業承継では、譲渡契約だけでなく、診療所の廃止日・開設日、保険医療機関の指定日、遡及指定の手続き、外来医師過多区域への該当などを一体で確認する必要があります。
承継日を先に決めてから行政手続きを確認すると、保険診療を行えない期間が生じたり、予定していた日に承継できなかったりする可能性があります。後継者候補が固まった段階で、税理士だけでなく、保健所や地方厚生（支）局などにも早めに相談しましょう。
個人事業の廃業・開業に関する一般的な手続きの詳細は、以下の記事で解説しています。
参照：
保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて
医療法等の一部を改正する法律の一部の施行等
クリニックの事業承継の譲渡価格
譲渡価格は、事業用資産の時価と営業権の合計で決まるのが一般的です。ここでは、それぞれの算定の考え方を確認します。
- 医療機器などの有形資産を適正に算定する
- クリニックの将来収益力を踏まえて営業権を評価する
医療機器などの有形資産を適正に算定する
譲渡価格の土台になるのは事業用資産の時価です。決算書の帳簿価額ではなく、譲渡時点で売買される価格をもとに算定します。
対象になるのは医療機器、内装や設備、什器備品、医薬品などの在庫です。医療機器は減価償却が進み、帳簿価額が小さくなっている場合が多くあります。実際にはまだ十分に使用できる機器も少なくないため、時価と帳簿価額が乖離しやすい資産です。
また、土地や建物を現院長が所有している場合は、クリニックの事業譲渡とあわせて売却する方法だけでなく、所有を続けて新院長へ賃貸する方法もあります。
不動産を譲渡対象に含めると譲渡総額が大きくなり、買い手側の資金調達に影響する場合があります。
一方、賃貸にすれば引退後も安定した不動産所得が期待でき、物件は相続財産として残ります。承継の実現しやすさ、引退後の資産構成、相続対策までを見据えて判断することが望まれます。
また、事業譲渡では、どの資産にいくらの譲渡対価を配分するかによって税務上の取扱いが変わります。土地・建物、医療機器、在庫、営業権などでは所得税・消費税の取扱いが異なるため、契約書上の価格配分にも合理的な根拠を持たせる必要があります。
クリニックの将来収益力を踏まえて営業権を評価する
営業権（のれん）は、立地や地域での認知度、診療実績、スタッフ・診療体制、紹介ルートなど、将来の収益力につながる無形の価値を反映したものです。中小M&Aでは、譲渡対象となる資産の価値に、一定期間分の利益を営業権として加算する簡便な算定方法が用いられることがあります。
ただし、何年分の利益を加算するかについて、法令上の基準や一律の相場が定められているわけではありません。診療科、立地、競合状況、患者数の推移、スタッフの定着状況、買い手候補の数などによって、実際の評価は大きく変わります。
特に個人開業クリニックでは、院長が交代した後も患者数や収益を維持できるかどうかが重要です。
診療が現院長個人の技術や知名度に強く依存している場合には、買い手が承継後の患者数や売上の減少リスクを織り込み、営業権の評価が低くなることがあります。
一方、スタッフが定着している、診療業務が標準化されている、電子カルテなどの業務基盤が整備されている、複数の医師による診療体制があるなど、院長が交代しても事業を継続しやすいクリニックでは、営業権を評価するうえでプラスの材料となる場合があります。
たとえば、次のようなケースを考えてみましょう。
【シミュレーション：開業から25年以上、患者数が安定している内科クリニック】
- 医療機器・内装など譲渡対象資産の時価： 4,000万円
- 事業から生じる年間利益： 4,000万円
- 院長の診療等に対する報酬相当額： 1,500万円
- 調整後の利益： 2,500万円
- 営業権： 調整後利益の1年分と仮定して2,500万円
- 譲渡価格の試算： 6,500万円
この例では、譲渡対象資産4,000万円に、調整後利益1年分の2,500万円を営業権として加え、6,500万円と試算しています。
ただし、「利益の1年分」という倍率に一般的な相場があるという意味ではありません。あくまで営業権の考え方を説明するための仮定です。実際の譲渡価格は、診療科、立地、患者数や収益の推移、設備の状態、院長への依存度、買い手との交渉などによって異なります。
また、個人開業では、事業主である院長自身への給与は必要経費として計上されません。そのため、クリニックそのものの収益力を評価する際には、院長が行っている診療等の労務に対する適正な報酬相当額を考慮し、利益を調整する場合があります。
譲渡価格を検討する際は、単純に「利益の何年分」と決めるのではなく、院長交代後もどの程度の収益を維持できるのかを確認し、複数の評価方法や買い手の条件を比較して判断することが重要です。
クリニックの事業承継にかかる個人の税金負担
譲渡すれば、院長個人に所得税・住民税が課されます。ここでは資産ごとに異なる課税の仕組みと手取りを守るために押さえるべき点を整理します。
- 事業用資産の種類によって所得区分や課税方法が異なる
- 税引後の手取り額を確認したうえでリタイア資金を計画する
事業用資産の種類によって所得区分や課税方法が異なる
個人開業のクリニックを譲渡すると、営業権（のれん）、医療機器、医薬品等の在庫、土地・建物など、譲渡する資産の種類によって所得税上の取扱いが異なります。
クリニック全体の譲渡価格をまとめて一つの所得として計算するのではなく、契約書上の譲渡対価を資産ごとに区分し、それぞれの所得区分に応じて税額を試算することが基本です。
| 譲渡する資産 | 所得の区分 | 課税方法 |
| 営業権（のれん代） | 譲渡所得 | 総合課税。取得から5年超なら長期譲渡所得 |
| 医療機器・設備など | 譲渡所得 | 総合課税。取得から5年超なら長期譲渡所得 |
| 医薬品などの在庫 | 事業所得 | 総合課税 |
| 土地・建物 | 譲渡所得 | 他の所得と分けて分離課税。譲渡年の1月1日時点の所有期間によって長期・短期を判定 |
ただし、医療機器や備品であっても、使用可能期間が1年未満の減価償却資産や取得価額10万円未満の少額減価償却資産（業務上基本的に重要なものを除く）、一括償却資産の必要経費算入の適用を受けた資産などは、譲渡所得の対象から除かれ、原則として事業所得として取り扱います。
営業権や一般的な医療機器など、土地・建物や株式等以外の資産に係る譲渡所得は、原則として総合課税の対象です。
総合課税の譲渡所得は、その資産の所有期間によって短期譲渡所得と長期譲渡所得に分かれます。所有期間が5年以内であれば短期、5年を超えていれば長期となるのが原則です。
短期譲渡所得と長期譲渡所得を合わせて、年間最高50万円の特別控除があります。短期と長期の両方に譲渡益がある場合には、まず短期譲渡所得の譲渡益から控除し、残額があれば長期譲渡所得から控除します。
さらに、長期譲渡所得については、特別控除後の金額の2分の1が総合課税の対象となります。
たとえば、長期譲渡所得となる営業権と医療機器の譲渡益の合計が2,500万円で、ほかに総合課税の譲渡所得がないと仮定すると、所得金額の計算は次のようになります。
（2,500万円 – 50万円） × 1/2 = 1,225万円
この1,225万円が、事業所得など他の総合課税所得と合算されることになります。
そのため、クリニックの譲渡によって課税所得が大きく増えると、所得税の累進税率により高い税率が適用される部分が生じる可能性があります。譲渡価格だけでなく、譲渡する年の診療所得やその他の所得も含めて税額を試算することが重要です。
短期と長期の両方の譲渡益がある場合は、先に短期の譲渡益から控除します。営業権と医療機器の譲渡益は総合課税で他の所得と合算されるため、譲渡した年は所得税の適用税率（累進税率）が上がりやすい点に注意が必要です。
一方、土地・建物の譲渡所得は、事業所得などとは分けて税額を計算する分離課税です。
土地・建物については、譲渡した年の1月1日現在で所有期間が5年を超えている場合は長期譲渡所得、5年以下の場合は短期譲渡所得となります。営業権や医療機器などの総合課税の譲渡所得とは長短区分の判定方法が異なるため注意しましょう。
課税事業者がクリニックの事業用資産を譲渡する場合、営業権、医療機器、備品、事業用建物などの譲渡は原則として消費税の課税対象となります。一方、土地の譲渡は消費税の非課税取引です。
そのため、土地・建物を含めてクリニックを一括で譲渡する場合などは、所得税だけでなく消費税の計算も見据え、契約書上の譲渡価格を資産ごとに合理的に区分しておくことが重要です。
クリニックの事業承継では、譲渡価格が同じでも、営業権、医療機器、在庫、土地・建物などへの価格配分によって所得税・住民税や消費税の計算が変わります。
契約締結後に税負担を確認するのではなく、譲渡価格を交渉する段階から資産ごとの税額を試算し、税金を差し引いた後に手元へいくら残るのかを確認しておきましょう。
売却による所得税が発生するタイミングや確定申告の流れは、以下の記事で解説しています。
参照：
国税庁「所得税基本通達 第33条《譲渡所得》関係」
国税庁 タックスアンサー No.3152「譲渡所得の計算のしかた（総合課税）
税引後の手取り額を確認したうえでリタイア資金を計画する
クリニックを譲渡した後に手元へ残る金額は、譲渡価格だけでなく、譲渡する資産の種類や取得費、譲渡時期、その年の所得などによって変わります。
譲渡価格の総額だけを見て契約すると、後から税額を計算した結果、想定していたより手取り額が少なくなり、引退後の資金計画を見直すことになりかねません。
契約前に確認しておきたい主な論点は、次の3つです。
① 資産ごとの譲渡価額の配分
営業権（のれん）と医療機器はともに総合譲渡所得ですが、取得費の有無で課税額が大きく変わります。特に、院長自身がクリニックの経営を通じて形成した自己創設の営業権については、通常、譲渡所得の計算上控除できる取得費はなく、譲渡価額の5％を概算取得費として控除することもできません。
なお、営業権の譲渡所得を計算する際には、取得費とは別に譲渡費用を控除できるほか、総合課税の譲渡所得については短期・長期を合わせて年間最高50万円の特別控除があります。長期譲渡所得に該当する場合には、特別控除後の金額の2分の1が総合課税の対象となります。
② 譲渡を実行する年（時期）の設定
承継の年は廃業日までの事業所得と譲渡所得が同年中に集中しやすくなります。総合課税により適用税率（累進税率）が上がりやすいため、引退後の資金計画を踏まえた譲渡時期の調整が不可欠です。
③ 不動産（土地・建物）を譲渡対象に含めるか否か
不動産の譲渡所得は分離課税（長期保有で税率20.315％）となり、総合課税とは税率構造が異なります。譲渡に含めて一括売却するか、賃貸として保有し続けて不動産収入を得るかによって、税引後の総手取り額が大きく変動します。
クリニックの譲渡価格の総額だけを見て買い手と合意したものの、契約後に税負担を試算したところ、営業権や医療機器、不動産などの課税方法の違いによって、想定より手取り額が少なくなることが判明し、引退後の資金計画を見直さなければならなくなるケースも考えられます。
契約前に、譲渡対象となる資産ごとの合理的な価格配分と、それぞれの課税区分を確認し、税引後の手取り額を試算しておけば、こうした資金計画とのずれを小さくできます。
また、クリニックの事業承継は、譲渡代金を受け取って終わりではありません。譲渡後に手元へ残った資金をどのように管理し、生活資金や将来の相続に備えるかまで含めて計画することが重要です。
税引後の手取り額から相続を見据えた資産整理まで一体で相談できる専門家の選び方については、以下の記事で解説しています。
クリニックの事業承継を相談するなら税理士法人ネイチャー
個人開業のクリニックの承継では、譲渡価格の交渉と税負担の試算を並行して進めることが欠かせません。資産の配分次第で所得区分が変わり、譲渡時期によって適用税率も変わるため、税務面までを踏まえた資産設計が求められます。
税理士法人ネイチャーは、資産税と資産管理を専門領域とする税理士法人です。顧問契約は行っておりませんが、スポットでのご支援は承っておりますので、今の顧問税理士様との関係を維持したまま、クリニックの事業承継について相談をしていただくことが可能です。M&A会社と協力して譲渡先の選定をサポートすることや、譲渡後の資産運用と税務、相続を見据えた資産の整理まで、法人と個人の両面から一体的に検討することを得意としています。
「いくらで譲れば、いくら手元に残るのか知りたい」という段階からでも、お気軽にお問い合わせください。
まとめ：クリニックの事業承継は個人開業医の税金を把握する
個人開業のクリニックの承継では、廃止届と開設届をセットで提出し、保険医療機関の指定も新たに取り直す必要があります。旧医療機関の廃止日に合わせて指定を受ける遡及指定は、あくまで例外的な取扱いです。2026年9月1日以後は、遡及指定について全国統一の新ルールが適用され、承継の内容によって手続きが異なります。特に「その他の場合」に該当すると、原則として遡及指定を希望する日の3か月前までに予定届出書を提出する必要があります。手続きが間に合わないと、保険医療機関として診療報酬を請求できない期間が生じる可能性があるため、早めの確認が重要です。
譲渡価格は、医療機器など譲渡する資産の価値に、クリニックの将来収益力を反映した営業権（のれん）を加えて考える方法があります。ただし、営業権に一律の相場はなく、診療科や立地、患者数の推移、スタッフの定着状況、院長への依存度などによって評価は変わります。
税負担の試算も、譲渡価格の交渉と並行して進めましょう。営業権や一般的な医療機器の譲渡益は原則として総合課税となるため、事業所得などと合算した結果、所得税の累進税率により高い税率が適用される部分が生じることがあります。土地・建物や在庫などは課税方法が異なるため、資産ごとの譲渡価額と税引後の手取り額を確認することが重要です。
税理士法人ネイチャーでは、事業承継に関するご相談を承っています。直近の決算書と資産の一覧をご用意いただければ、税引後の手取り額の試算から、譲渡後の運用・相続まで見据えた資産設計のご提案まで、一体でサポートいたします。まずはお気軽にお問い合わせください。
資産運用や税金対策についてどんな不安や疑問もコンサルタントが丁寧にお答えします。
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